Dan Lönnqvist avlade musikmagistersexamen och A-examen i orgelspelning vid Sibelius-Akademins kyrkomusikavdelning under ledning av Folke Forsman. Han gav sin debutkonsert i Helsingfors Domkyrka.
Lönnqvist har kompletterat sin solistiska utbildning utomlands under ledning av professorerna Hans Fagius (Stockholm), Jon Laukvik (Stuttgart) och Jacques van Oortmerssen (Amsterdam). Dan Lönnqvist har konserterat förutom i de nordiska länderna även i Tyskland, Luxemburg, Schweiz, Italien, Lettland, Litauen, Polen, Tjeckien och i USA (Washington National Cathedral).
Lönnqvist fungerar som lärare vid Yrkeshögskolan Novias musikutbildning i Jakobstad. Han har fungerat som Bel Cantos dirigent sedan starten 1989. Som mångårig ordförande för föreningen Calcanten har han arrangerat musikserien Musik i Sommarkvällen och Jakobs Orgeldagar i Jakobstad. Han har fungerat som lärare vid mästarkurser i Finland och utomlands, bl. a vid den Internationella Orgelakademin i Lövstabruk, Sverige. Lönnqvist tilldelades år 2014 Österbottens svenska kulturfonds pris för berikande av kulturlivet i Österbotten.